内部控制目标是决定公司内部控制运行方式和方向的关键，也是认识内部控制基本理论的出发点。基金管理人与一般的公司不同，内部控制的总体目标是：
1.保证公司经营运作严格遵守国家有关法律法规和行业监管规则，自觉形成守法经营、规范运作的经营思想和经营理念
任何公司组织都有其特定的目标，要有效实现组织的目标，就必须及时对构成组织的资源（财产、人力、知识、信息等）进行合理的组织、整合与利用，这就意味着这些资源要处于控制之下或在一定的控制之中运营。如果一个组织未能实现其目标，那么该组织在从事自身活动时，一定是忽视了资源的整合作用，忽视了经济性和效率性的重要作用。基金管理人有优秀的基金经理、出色的管理人员和先进的信息管理系统及设备，但如果这些条件没有充分用于专业的资产管理服务，基金管理人很难获得高效的回报。例如，如果基金管理人泄露未公开信息而不能实现相应的投资目标，基金管理人就没有实现其总体经营目标。因为内部控制系统的目标就是直接促进组织目标的实现，所有的组织活动和控制行为必须以促进实现组织的最高目标为依据。
基金管理人必须服从法律法规、职业道德规则以及利益集团之间的竞争因素等所施加的外部控制。内部控制如果不能充分考虑这些外部限制因素，就会威胁组织的生存。
因此，内部控制系统必须保证基金管理人遵循各项相关的法律法规和行业监管规则，引导所有员工形成自觉的规范运作理念。
2.防范和化解经营风险，提高经营管理效益，确保经营业务的稳健运行和受托资产的安全完整，实现公司的持续、稳定、健康发展
风险是指事件本身的不确定性，它具有客观性。基金管理人在市场经济环境中难免会遇到各种风险，为了能规避经营风险，企业应建立完善的内部控制体系，其中包括风险评估机制。风险有外部风险和内部风险。外部风险主要包括法律法规、经济、社会、文化与自然等方面。内部风险主要来自决策失误、执行不力、操作风险等。在风险评估基础上，基金管理人通过加强内部控制，建立风险防范机制，主要内容包括：建立企业风险评估机构，制定防范或规避风险的措施，设立风险信息反馈机制，制定防范风险的奖惩制度等。
内部控制的目标是在一定的范围内降低或消除经营风险，提高基金管理人的经营效益。随着基金行业管理力度的不断加大，基金管理人面临越来越高的违规成本，内部控制在提高经营管理效益方面具有非常重要的现实意义。
3.确保基金和基金管理人的财务和其他信息真实、准确、完整、及时事实上，基金管理人内部控制和信息是密不可分的。基金管理人的决策受制于内部运作信息，反之，没有完备的内部控制便不能保证信息的质量。也就是说，管理者需要利用信息来监督和控制组织行为，同时，决策信息系统特别是财务信息系统也依赖于内部控制系统来确保提供相关、可靠和及时的信息。否则，管理者的决策就有可能给组织造成不可弥补的损失。因此，内部控制系统必须与确保信息收集、处理和报告正确性的控制相联系。
基金及其管理人的财务信息真实、完整既是基金管理人内部控制的基本目标，又是企业内部控制基本的、非常重要的手段，财务信息正是通过真实、完整的会计资料的记录、汇总、报告等手段实现其对公司经营管理责任的落实、对公司财产及业务活动实施监督管理职能的。
基金管理人内部控制是一个动态的系统工程。尤其是在互联网时代，信息传递的速度惊人，基金及其管理人的财务信息可能对基金管理人和基金持有人产生的影响速度和频率都将大幅提高，内部控制可以大大提高证券市场运行和基金运作的效率。
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