内部控制机制，简称内控机制，是指公司的内部组织结构及其相互之间的运作制约关系，即一个企业组织为了实现计划目标，防范和减少风险的发生，由全体员工共同参与，对内部组织机构业务流程进行全过程的介入和监控，采取权力分配、相互制衡手段，制定出系统的、制度保证的运行过程。
基金管理人内部控制机制一般包括四个层次：
1.员工自律；
2.各部门主管（包括监察稽核）的检查监督；
3.公司管理层对人员和业务的监督控制；
4.董事会或者其领导下的专门委员会的检查、监督、控制和指导。
一般来说，基金管理人内部控制机制建设应在以下四个方面加强：
（1）在设置内部控制机构上，不能重眼前商业利润、不注重专职内部控制机构建立的偏向。建立健全基金管理人内部控制机构，从组织上强化内部控制，引导基金管理人所有员工重视内部控制。
（2）在建立内部控制制度上，不能重内部管理制度建立、不注重内部核心部门“防火墙”制度建立的偏向。建立健全可靠的专业委员会、投资管理部门、风险管理部门、市场营销部门、基金运营部门、后台支持部门等完善、独立的内部控制制度。
（3）在执行内部控制制度上，不能重非经常性发生事项控制、不注重经常性发生事项控制的偏向。进一步强化责任管理、制度管理，规范控制行为，建立健全良好的控制环境、完善的控制体系和可靠充分的控制程序为一体的内部控制管理机制。
（4）在监督内部控制上，不能重程序监督、不注重对“内部人”监督的偏向。首先，要加强对基金管理人的内部控制监督，建立基金管理人重大决策集体审批等制度，以杜绝业务管理层负责人独断专行；其次，要加强对基金管理人部门管理的控制监督，建立部门之间相互牵制的制度，以杜绝部门权力过大或集体徇私舞弊；再次，要加强对关键岗位管理人员的控制监督，建立关键岗位轮岗和定期稽查制度，以杜绝基金管理人中层经理人员以权谋私或串通作案，从而建立健全企业内部控制监督机制。
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